Un grupo de científicos ha completado las simulaciones masivas del nuevo coronavirus, que ya se ha cobrado la vida de más de 27.000 personas e infectado a casi 600.000 a nivel mundial, según recoge el portal ScienceDaily.
Los investigadores están preparando el modelo informático completo de todos los átomos de la envoltura del SARS-CoV-2, es decir, el componente exterior del coronavirus. Ya probaron las primeras partes del modelo y optimizaron el código en el superordenador Frontera en la Universidad de Texas, en EE.UU. Esto puede ayudar a crear medicamentos y vacunas para combatir el mortífero virus que provoca el covid-19.
La autora principal del estudio y profesora de química y bioquímica en la Universidad de California, Rommie Amaro, explicó que de momento su grupo intenta «combinar datos en diferentes resoluciones en un modelo cohesivo que pueda simularse» en las instalaciones como el Frontera. Se estima que en total este modelo contendrá aproximadamente 200 millones de átomos.
«Si tenemos un buen modelo de cuál es el aspecto exterior de la partícula y cómo se comporta, obtendremos una buena visión de los diferentes componentes que están involucrados en el reconocimiento molecular», es decir, cómo el virus interactúa con los receptores de la célula huésped, señaló Amaro.
Del 12 al 13 de marzo su laboratorio realizó simulaciones de dinámica molecular en hasta 4.000 nodos, o alrededor de 250.000 núcleos de procesamiento.
Full length SARS-CoV-2 spike protein with glycans running in MD shows vastly altered accessibility for small molecules and antibodies (aka #glycotime for the #COVID19 #demogorgon) @LCasalino88 (movie) @zied_gaieb @abbydommer @AmaroLab pic.twitter.com/uNtLvYDCRn
— Rommie Amaro (@RommieAmaro) March 22, 2020
«Estas simulaciones nos darán nuevas ideas sobre las diferentes partes del coronavirus que se requieren para la infectividad. Y eso nos interesa porque, si podemos entender estas diferentes características, los científicos tendrán una mejor oportunidad de diseñar nuevos medicamentos y entender cómo funcionan los medicamentos actuales y las combinaciones de medicamentos potenciales», declaró la investigadora.
«La información que obtenemos de estas simulaciones es multifacética y multidimensional y será de utilidad para los científicos en primera línea de manera inmediata y también a largo plazo», concluyó Amaro.
El Frontera —la quinta supercomputadora más potente del mundo y el superordenador académico número 1 según la clasificación de noviembre de 2019 de la organización Top500— es un sistema informático de alto rendimiento de clase líder respaldado por la Fundación Nacional para la Ciencia de EE.UU.
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